Berlanjut di babak kedua, PSIS berhasil melakukan comeback lewat gol Gali Freitas menit 49.
Gali Freitas mencetak gol setelah mendapat umpan dari Vitinho dari sisi kiri lapangan. Pemain Timnas Timor Leste itu yang sudah bebas mencaplok umpan Vitinho dengan mudah.
Tak lama berselang, PSIS kembali mencetak gol kali ini lewat sang bomber asal Portugal Carlos Fortes menit ke 55.
Fortes berhasil mencetak gol cantik dari luar kotak penalti.
Tendangan melengkung Carlos Fortes tidak mampu dibendung oleh Syahrul Trisna dan membuat PSIS landing menjadi 3-1 atas Persikabo.
Meskipun unggul dua gol, PSIS tidak berhenti menyerang. Vitinho hampir mencetak gol namun shooting kerasnya masih membentur tiang.
Pedrinho gantian mengancam gawang PSIS di menit ke 63 melalui tendangan bebas namun masih membentur pagar betis.
Menit ke 66 pemain PSIS, Septian David Maulana masuk menggantikan Taisei Marukawa.
70 menit babak kedua Persikabo lebih banyak mengancam karena merasa jauh tertinggal.
Semua percobaan Persikabo sayangnya belum ada yang menemui hasil.
PSIS kembali melakukan pergantian pemain di menit ke 75, Carlos Fortes dan Vitinho keluar digantikan Riyan Ardiansyah dan Gian Zola.
Asyik menyerang, PSIS malah kebobolan lewat gol dari Roni Sugeng di menit 80 lewat shoot keras Roni Sugeng yang tidak mampu diantisipasi oleh Adi Satryo dan merubah skor menjadi 2-3 dari PSIS Semarang.
Tuan rumah Persikabo sebetulnya memiliki beberapa peluang di sisa menit babak kedua untuk menyamakan kedudukan namun tidak ada peluang yang berbuah gol.
Lucky Oktavianto melepas shooting keras di menit ke 92 namun bisa ditepis oleh Adi Satryo.
Peluang Lucky menjadi percobaan terakhir sebelum wasit meniup peluit panjang.