Sejak kecil, Yahya Cholil Staquf belajar di Pesantren, bermula dari Pendidikan formal di Pesantren Raudlatut Tholibin Rembang, Jawa Tengah.
Lalu berlanjut ke Pondok Pesantren KH Ali Maksum di Krapyak, Yogyakarta.
Saat itu ia juga kuliah di Fisipol Universitas Gajah Mada (UGM) Yogyakarta.
Saat Gus Dur menjadi Presiden, Yahya Cholil Staquf diangkat sebagai juru bicara.
Daftar Ketua Umum dan Rais Aam PBNU
Berikut daftar Ketua Umum dan Rais Aam PBNU sejak pertama berdiri:
Tahun 1926-1929
Rais Akbar: KH Hasyim Asy'ari
Ketua Umum: KH Hasan Gipo
Tahun 1929-1937
Rais Akbar: KH Hasyim Asy'ari
Ketua Umum: KH Ahmad Noor
Tahun 1937-1946
Rais Akbar: KH Hasyim Asy'ari
Ketua Umum: KH Mahfudz Siddiq