Memasuki tahun 2007 ketika terjadi konflik partai antara kubu Gus Dur dengan Muhaimin Iskandar, dia dipercaya menjabat sebagai pejabat sementara Ketua DPW PKB Jawa Tengah.
Ia sempat tak menduduki jabatan struktural di PKB dan tampil lagi pada 2013 menjadi Ketua DPW PKB Jawa Tengah.
Selain di bidang keagamaan, K.H. Yusuf Chudlori juga berkiprah di bidang seni dan budaya dengan menggelar perhelatan seni budaya bertajuk Suran Tegalrejo setiap tahun.
Selain itu ia juga mengelola stasiun radio Fast FM yang siarannya menjangkau segmen anak muda. Bersama Sutanto Mendut, dia berpartisipasi dalam acara Komunitas Lima Gunung.
Melalui survei elektabilitas calon gubernur Jawa Tengah, sosok Gus Yusuf menempati posisi keempat dengan poin yang cukup tinggi, dibandingkan nama-nama lainnya.
(*)