Ia juga tercatat menukangi timnas U23 sebanyak 21 kali, timnas U19 sebanyak 18 kali, dan timnas U20 sebanyak 14 kali. 

Beberapa pencapaian Shin adalah berhasil membawa Timnas Indonesia lolos dari fase grup Piala Asia, untuk kali pertama sepanjang sejarah Garuda melenggang ke babak knockout turnamen. 

STY juga membawa Timnas U23 lolos untuk kali pertama ke semifinal Piala Asia U23 di mana ia menyingkirkan negara asalnya, Korea Selatan. 

Timnas U23 Indonesia bahkan hanya terpaut satu kemenangan dari tampil di Olimpiade Paris 2024. 

Di bawah asuhannya, Garuda juga bermain untuk kali pertama di putaran ketiga Kualifikasi Piala Dunia 2026. 

Prestasi Shin Tae-yong bersama Timnas Indonesia: 

Runners up Piala AFF 2020 

Medali perunggu SEA Games 2021 

Runners Up Piala AFF U23 2023 

Babak 16 besar Piala Asia 2023 

Fase grup Piala Asia U20 2023 

Semifinalis Piala Asia U23 2024 

Lolos ke Piala Asia 2027 

Lolos ke Putaran Ketiga Kualifikasi Piala Dunia 2026

(*)